La Ventanilla Única de Comercio Exterior fue propuesta por el Ministerio de Comercio Exterior y Turismo (MINCETUR) el año 2007, e inicialmente la definición del proyecto fue desarrollado entre MINCETUR y la Superintendencia Nacional de Administración Tributaria (SUNAT)
El desarrollo e implementación se gestiona mediante una Comisión Especial formada expresamente para tal fin, la cual es presidida por el MINCETUR, en la que participa como Coordinador Técnico la SUNAT y participan las siguientes entidades públicas y gremios empresariales: Presidencia de Consejo de Ministros, Ministerio de Economía y Finanzas, Ministerio de Transporte y Comunicaciones, Ministerio de la Producción, Ministerio de Salud –Dirección General de Salud Ambiental (DIGESA), Ministerio de Salud - Dirección General de Medicamentos, Insumos y Drogas (DIGEMID), Servicio Nacional de Sanidad Agraria (SENASA), Instituto Tecnológico Pesquero (ITP), Ministerio de Agricultura - Dirección General de Flora y Fauna Silvestre, Ministerio del Interior - Dirección General de Control de Servicios de Seguridad-Control de Armas-Munición y Explosivos de uso Civil (DICSCAMEC), Asociación de Agentes de Aduana del Perú (AAAP), Asociación de Exportadores (ADEX), Asociación Peruana de Agentes de Carga Internacional (APACIT), Cámara de Comercio de Lima (CCL), Sociedad de Comercio Exterior del Perú (COMEX PERÚ), Sociedad Nacional de Industrias (SNI), Autoridad Portuaria Nacional (APN), Gobierno Regional del Callao – Dirección Regional de Salud del Callao (DIRESA Callao), Ministerio de Defensa - Dirección General de Capitanías y Guardacostas del Perú (DICAPI), Ministerio del Interior - Dirección General de Migraciones y Naturalización (DIGEMIN), Empresa Nacional de Puertos (ENAPU), DP World Callao SA, Asociación Marítima del Perú (ASMARPE), Asociación Peruana de Agentes Marítimos (APAM), Asociación Peruana de Operadores Portuarios(ASPPOR).
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